A novel human gene is cloned by using a monoclonal antibody, 17 0A1, which recognizes a nucleolar peptide of molecular weight 90 kDa. The gene is ubiquitously expressed in various cell lines tested so far. The composite nucleotide sequence consists of 3,910 nucleotides. It contains a single open reading frame encoding a polypeptide of 1,245 amino acids with a calculated molecular weight of 137 kDa. The deduced amino acid sequence shows seven well conserved helicase domains. It belongs to the member of the DEXH protein family which is composed of DNA and RNA helicases; thus, it is named as Helicase Like Protein ( HLP). The HLP gene contains a leucine zipper motif between helicase domains Ia and II, and a putative nucleolar localization sequence.
Homology search of HLP shows two highly significant matches at the amino acid sequence level: yeast SKI2 gene (GenBank L13469) and a partial human ORF2 from human male myeloblast KB-1 cell line (GenBank D29641). The SKI2 gene of Saccharomyces cerevisiae is known to be involved in antiviral activities through inhibition of translation of cap or poly (A) deficient mRNAs. Pairwise alignments of HLP and SKI2, or human ORF2 show overall 38% sequence identities and 65% sequence similarities when conservative amino acid changes are included.
By sequencing analysis of the HLP genomic clone, the gene has been localized to the 11 kb intergenic space between RD and RP1 in the MHC class III region on chromosome 6p21. The RD gene is present in head-to-head configuration 65 bp away from the first methionine codon of the HLP gene. RP1 is present 351 bp downstream of the stop codon in head-to-tail configuration.
90 kDa의 분자량을 가지는 nucleolar 폴리펩타이드를 인식하는 단 일 항체를 이용하여 이제까지 보고된 적이 없는 새로운 인체 유전자를 클로닝 하였다. 이 유전자는 조사되어진 다양한 세포주에서 발현되었다. 이 유전자의 전체 염기 서열은 3,910 뉴클레오타이드였다. 이 유전자는 1,245개의 아미노산으로 구성되어 있으며, 하나의 ORF를 가지고 있는 단백질로써 분자량은 137 kDa인 것으로 밝혀졌다. 아미노산 서열을 분석한 결과 일곱개의 잘 보존되어 있는 helicase motifs를 가지고 있었으며, DNA와 RNA helicases로 구성되어 있는 DEXH 단백질 family에 속하는 것을 알 수 있었다. 이러한 특성으로부터 이 유전자의 이름을 Helicase Like Protein (HLP)으로 명명하였다. 또한, HLP 유전자는 leucine zipper motif와 putative nucleolar localization sequence를 가지고 있었다.
HLP 유전자를 GenBank/EMBL 데이타베이스와 비교 분석 한 결과 아미노산 서열상에서 상당한 유사성을 보이는 두개의 유전자가 밝혀졌다. 효모의 SKI2 유전자 (GenBank L13469)와 사람의 골수아구 KB-1세포주에서 클로닝된 ORF2 유전자 (GenBank D29641)로 이들 유전자와 상당한 유사성을 보였다. Saccharomyces cerevisiae의 SKI2 유전자는 poly(A)가 없는 mRNA의 전이를 특이적으로 방해하므로써 항바이러스 활성에 관여하는 것으로 알려져 있다. HLP와 SKI2, 또는HLP와 ORF2 유전자를 배열하여 유전자간의 유사성을 분석한 결과, 염기서열상에서 38%의 동질성과 65%의 유사성을 보였다.
HLP 유전자의 Genomic 클론의 염기서열을 분석한 결과 HLP 유전자는 염색체 6p21의 MHC class III의 RD 유전자와 RP1 유전자 사이에 존재하며, 11 kb에 해당하는 유전자 크기를 가지고 있었다. RD 유전자는 HLP 유전자의 첫번째 methionine codon으로부터 65bp 떨어져 있으며, head-to-head의 방향으로 유전자의 발현이 진행됨을 알 수 있었다. 또한, PR1 유전자는 HLP 유전자의 stop codon으로부터 351bp 떨어져서 있으며, HLP 유전자와는 head-to-tail의 방향으로 발현이 진행됨을 밝혔다.
