Various non-coding RNAs, those that are not translated into a protein, are transcribed to modulate cellular pathways. dsRNA is a category of these non-coding RNAs, and those with length longer than 80bp are known to be RNAs typical of viral genome. Along with viral dsRNA which can be found in infected cells, mammalian cells also express various endogenous dsRNAs, most of which still has unknown functional roles. In this research, we have used co-immunoprecipitation (co-IP) and TurboID proximity labeling (PL) to extensively find those proteins that can interact with the endogenous dsRNAs. Co-IP is a method whereby a specific antibody is used to separate a specific target protein complex. PL technique utilizes promiscuous enzyme to label all proteins within a specific radius proximal to the enzyme. By comparing the proteomic profile from the two experiments, we aim to newly identify dsRBPs that were previously unrecognized, and further study its role in human cellular pathways.
세포 내에는 여러 종류의 비번역 RNA가 존재하며, 이들은 번역되어 단백질로 발현되지 않고, 다른 RNA 결합단백질들과 결합하여 다양한 세포 신호전달 체계의 일부로서 작용한다. 이들 중 길이가 80bp 이상이고, 특정 서열에 의하여 이중나선 구조를 갖는 이중나선 RNA (double-stranded RNA, dsRNA)는 바이러스에 특이적으로 존재하는 RNA로 알려져 있다. 본 연구에서는, dsRNA에 결합하는 dsRBP들을 면역침강 (Co-Immunoprecipitation) 기법과 Turbo 근접 표지법(Turbo Proximity Labeling)을 통하여 체계적으로 찾고자 한다. 면역침강 기법은, 특정 항체를 사용하여 다양한 단백질들 중에서 항체에 결합하는 단백질만을 정제해내는 기법이다. 또한, TurboID 근접 표지법을 통하여 dsRBP를 다시 한번 체계적으로 찾아내고, 발견된 dsRBP 와 결합하는 단백질들도 규명 해내고자 한다. 면역침강과 근접 표지법을 통하여 각각 얻은 결과를 비교 및 대조함으로써, 새로운 dsRBP를 발견함과 동시에, 기존에 알려진 dsRBP들과 결합하는 단백질들도 규명하여 dsRNA 세포 신호전달 체계 전반에 대한 더욱 깊은 이해를 얻고자 한다.
