서지주요정보
Quantitative analysis of RNA processing for clinical application = RNA 프로세싱의 임상용 정량분석법 개발
서명 / 저자 Quantitative analysis of RNA processing for clinical application = RNA 프로세싱의 임상용 정량분석법 개발 / Jayoung Ku.
저자명 Ku, Jayoung ; 구자영
발행사항 [대전 : 한국과학기술원, 2019].
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8033648

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MCBE 19002

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초록정보

ARS-interacting multifunctional protein 2 (AIMP2) is a non-enzymatic component required for the assembly of the multi-tRNA synthetase complex. Yet, it also serves as a multifunctional tumor suppressor. While exon 2 skipping variant of AIMP2 (AIMP2-DX2) is associated with carcinogenesis, its potential as a cancer biomarker remains uninvestigated. Here, we combine RNA in situ hybridization (RNA-ISH), quantitative image-analysis, and RNA-sequencing to develop clinically applicable detection tools that can quantitate the expression ratio of AIMP2-DX2 to AIMP2. We apply our technique to analyze AIMP2-DX2 expression levels in both cell lines and patients’ samples. Our image quantification results show excellent concordance with pathologist’s reading and tissue-matched RNA-sequencing. We further employ our tool and find that Alu-binding proteins, especially ADAR and PKR, can regulate AIMP2-DX2 expression. Collectively, we provide the development and application of RNA-ISH image-analysis tools for quantitative analysis of AIMP2-DX2 and subclassification cancer patients based on AIMP2-DX2 expression.

단백질 합성 효소복합체의 조립에 필요한 비효소적 요소인 AIMP2 단백질은 여러 기능을 가진 종양 억제제로 알려져 있으며, 선택적 스플라이싱에 의해 만들어지는 엑손 2가 결여된 형태인 AIMP2-DX2는 반대로 암 형성 과정과 관련되어 있다고 알려져 있다. 그러나 AIMP2-DX2를 바이오마커로 활용하여 암을 진단하려는 시도는 아직 진행되지 않았다. 본 학위논문에서는 RNA-ISH 방법과 이미지 정량분석, 그리고 RNA-시퀀싱 기법을 이용하여 AIMP2-DX2와 AIMP2 전사체 간의 발현 비율을 측정할 수 있는 방법을 개발하였다. 또한 본 방법을 세포주와 환자 조직에 적용하여 AIMP2-DX2의 발현 비율을 측정하였고 병리학자의 의견, RNA-시퀀싱 결과와 비교하여 임상적 활용 가능성을 검증하였다. 더 나아가 본 방법을 이용하여 ADAR 또는 PKR과 같은 Alu-결합 단백질이 AIMP2-DX2의 발현을 조절할 수 있다는 것을 밝혔다. 본 연구에서 연구한 RNA-ISH 및 이미지 정량 분석법은 AIMP2-DX2 발현을 정량적으로 분석하고, 그 결과를 바탕으로 암 환자들을 세부분류함으로써 환자 맞춤형 치료에 큰 도움이 될 것으로 기대한다.

서지기타정보

서지기타정보
청구기호 {MCBE 19002
형태사항 iii, 36 p. : 삽도 ; 30 cm
언어 영어
일반주기 저자명의 한글표기 : 구자영
지도교수의 영문표기 : Yoosik Kim
지도교수의 한글표기 : 김유식
학위논문 학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 생명화학공학과,
서지주기 References : p. 32-35
주제 AIMP2
alternative splicing
RNA-ISH
diagnosis
alu-binding protein
AIMP2
선택적 스플라이싱
RNA-현장부합법
진단
Alu-결합 단백질
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