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(A) new target DNA detection method based on hairpin probe-assisted isothermal probe amplification = 헤어핀 프로브 기반 등온 핵산 증폭 기술을 이용한 신개념 표적 핵산 검출 기술 개발
서명 / 저자 (A) new target DNA detection method based on hairpin probe-assisted isothermal probe amplification = 헤어핀 프로브 기반 등온 핵산 증폭 기술을 이용한 신개념 표적 핵산 검출 기술 개발 / Hyo Yong Kim.
저자명 Kim, Hyo Yong ; 김효용
발행사항 [대전 : 한국과학기술원, 2017].
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초록정보

We herein developed a novel target DNA detection method called hairpin probe-assisted isothermal probe amplification (HPA IPA) to overcome a disadvantage of exponential amplification reaction (EXPAR) method. In spite of high amplification efficiency, the EXPAR can be used exclusively for the detection of short oligonucleotide, trigger, which confines the use of the EXPAR as a diagnostic method. To solve the problem of the EXPAR method, we employed hairpin probe (HP) which contains an anti-trigger probe (aTP) at its 3’-end and a nicking enzyme recognition sequence followed by additional aTP at its 5’-end. As the target DNA binds to the loop region of the HP, primer can bind to the free stem region of the HP and be extended by DNA polymerase, generating double-stranded (ds) DNA. Subsequently, the trigger probe (TP) can be continuously produced by combination reaction of the DNA polymerase and nicking enzyme and induce additional production of dsDNA by binding to the free aTP at 3’-end of the HP. Consequently, as the HPA IPA reaction takes place, the fluorescent signal from SYBR Green I that fluoresces when it is intercalated into the dsDNA is increased. By employing this amplification principle, the target DNA was sensitively detected down to 0.33 fM with high specificity over other mismatched target DNAs. Finally, the practical utility of this strategy was successfully verified by detecting long target DNAs with high reliability.

기존 중합효소 연쇄반응 기술의 단점을 극복하기 위한 등온핵산증폭 기술의 개발이 활발히 이루어지고 있는 실정이다. 현재까지 개발된 등온핵산증폭 기술 중 엑스파 기술은 빠른 반응 속도 및 높은 증폭 효율에 의해 많은 관심을 받고 있다. 하지만 본 엑스파 기술은 짧은 핵산 가닥의 검출에만 제한적으로 사용될 수 있다는 단점을 지니고 있다. 이러한 기존 기술의 단점을 해결하기 위해, 본 학위논문에서는 헤어핀 프로브 기반 등온 핵산 증폭 기술을 이용한 신개념 표적 핵산 검출 기술 개발에 대해 다루고자 한다.

서지기타정보

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청구기호 {MCBE 17014
형태사항 iii, 25 p. : 삽도 ; 30 cm
언어 영어
일반주기 저자명의 한글표기 : 김효용
지도교수의 영문표기 : Hyun Gyu Park
지도교수의 한글표기 : 박현규
학위논문 학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 생명화학공학과,
서지주기 References : p. 21-22
주제 target DNA detection
isothermal probe amplification
hairpin probe
exponential amplification reaction
DNA polymerase
nicking enzyme
표적 핵산 검출
등온핵산증폭
헤어핀 프로브
엑스파
핵산중합효소
절단효소
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