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Semantic visualization of multifunctional PPI networks by edge coloring = 에지 색을 이용한 다기능 단백질 상호작용 네트워크의 기능 기반 시각화
서명 / 저자 Semantic visualization of multifunctional PPI networks by edge coloring = 에지 색을 이용한 다기능 단백질 상호작용 네트워크의 기능 기반 시각화 / Sangyeon Lee.
저자명 Lee, Sangyeon ; 이상연
발행사항 [대전 : 한국과학기술원, 2016].
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8030007

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MBIS 16017

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초록정보

Protein-protein interaction (PPI) network data contains interaction among proteins in organisms. PPI networks are used to many cell behavior studies, and visualization of the network is essential for clear and efficient analysis. Gene Ontology (GO) data contains known features of gene products, such as proteins those are represented as nodes in PPI networks. So integrating PPI network data and Gene Ontology information extends the amount of information of nodes while makes more challenging to visualize. In this research, we suggest new method to visualize multifunctional PPI networks built by integrating PPI and GO data, especially using biological process terms. We annotate GO terms to edges by comparing GO annotation terms of two nodes connected by the edges. We visualize functional information from GO data using edge color, differently from previous methods, which visualize the data by modifying visual variables of nodes. In addition, we visualize edge betweenness centrality of edges respectively for functional networks. And we assign similar colors to similar GO term considering semantic similarity among GO terms. This method can visualize multifunctional PPI networks and represents some information of the networks, which other previous methods cannot represent.

단백질 상호작용 네트워크는 생물 안에서 일어나는 단백질의 상호작용 데이터이다. 단백질 상호작용 네트워크는 생명과학의 여러 분야에 쓰이고 있으며, 이를 명확하고, 효과적으로 분석하기 위해 네트워크를 시각화한다. 유전자 온톨로지는 유전자의 산물인 단백질을 정제된 단어로 표현하는 것이다. 단백질 상호작용 네트워크에서 노드로 표현되는 단백질에 대한 정보를 추가하여 네트워크의 정보량을 증가시킬 수 있으나, 시각화적 측면에서 복잡성이 증가한다. 이번 연구에서는 유전자 온톨로지 정보를 포함한 단백질 상호작용 네트워크를 시각화하였다. 유전자 온톨로지 정보를 기존에 표시되던 노드에서 엣지로 옮겨 표현하였고, 이 과정에서 엣지의 중심성을 엣지의 두께로 표현하였고, 비슷한 생물학적 기능을 가진 엣지들은 비슷한 색을 입혀서 의미적 유사도를 표현하였다. 이 방법으로 다기능 단백질 상호작용 네트워크를 시각화 할 때 기존의 방법으로 표현되지 않는 정보를 표현할 수 있다.

서지기타정보

서지기타정보
청구기호 {MBIS 16017
형태사항 iv, 43 p. : 삽도 ; 30 cm
언어 영어
일반주기 저자명의 한글표기 : 이상연
지도교수의 영문표기 : Kwanghyung Lee
지도교수의 한글표기 : 이광형
학위논문 학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 바이오및뇌공학과,
서지주기 References : p. 39-41
주제 multifunctional network visualization
PPI network
Gene Ontology
edge annotation
edge coloring
대규모 생물 네트워크
네트워크 시각화
단백질 네트워크
유전자 온톨로지
다기능 네트워크
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