Rrp6 is the nucleic catalytic component of exosome complex well known for its suppression of spurious transcription. The chief interest in this protein is its role in pervasive transcription. It is known that upon deletion of Rrp6, various kinds of noncoding transcripts appeared. RNA-seq was performed to see the effects of this enzyme in terms of whole genome in the fission yeast. Due to its degradation role, we expected transcription to be increased and it was rightly so along with many other transcripts. However, unexpectedly there were also many transcripts that showed decrease compared to the wild type. As decreasing transcript cannot be explained straight forward with loss of degradation activity, there was a need to look deeper into this matter. Ontologically categorizing the decreased transcripts show that the reduction was due to not a principle but, as there were clear clusters, certain design had to be at hand.
Previously there were instances where increased antisense transcripts hindering sense transcripts by termination defect. However, in our research, there were signs of termination defect, but the number of the instances was not sufficient. When ontologically categorized, decreased transcripts are clustered into certain types, such as cellular respiration and ribosomal protein genes. In calorie restriction, similar pathways are distinctly changed. Calorie restriction achieves its effect by Tor pathway. Further looking into the phenotype reveals that not only does the transcription status resemble CR, but also organismal level phenotypes in that state, namely aging.
NGS는 분자생물학 분야에서 가장 중요한 발명 중 하나이다. 이로 인해 전사체적 수준의 변화를 민감하게 관측할 수 있게 되었고 그로 많은 해택을 누리고 있다. 이번 연구도 이 실험 방법을 사용함으로써, Rrp6라는 단백질이 삭제된 돌연변이에서 어떤 전사체 변화가 있는 지를 관측함으로 시작됐다. 이 단백질은 분해 효소이기에, 삭제시에 대부분의 전사체가 증가할 것으로 예상되었으나, 감소한 경우도 다수 존재하였다.
이러한 사실을 바탕으로 감소한 전사에 대해 유전자 기능적 분석을 실행하였고, 결과 많은 리보솜 단백질 유전자가 포함됨을 알게 되었다. Rrp6에서 비번역 RNA가 증가한다는 사실을 토대로 전사 종결에 문제가 있을 수도 있다는 사실에 집중하였다. 하지만 리보솜 단백질 유전자 군에서 3’ 위치의 전사 결과물이 증가한 경우가 있으나 전체를 설명하지 못하였다.
연구는 다시 유전자 기능 분석에 집중하여서 리보솜 단백질 유전자 군이나 세포 호흡과 관련된 유전자 군의 전사가 감소한 경우를 보게 되었고, 이러한 현상은 열량 제한 상태에서 존재한다는 문헌을 토대로 추가 연구가 착수되었다. Tor와의 연관성을 확인하는 중, 과산화수소에 대한 반응 등을 보게 되었고, 수명연장 이라는 현상이 Rrp6 삭제 돌연변이에 나타난다는 것을 알게 되었다.
