The effects of cation on tRNA have been theoretically investigated using the semiempirical potential energy functions. The binding of $Mg^{+2}$ to the model compound and the hydration scheme of the anticodon loop have been determined, and their stabilization energies produced by the introduction of magnesium pentahydrate and water molecules in the first hydration shell were calculated.
The results indicate that magnesium pentahydrate is important for the decreasing the flexibility of the anticodon loop and satisfying the large Y37 base stereochemically during the protein synthesis. The effects of $Mg^{+2}$ on the hydration scheme were investigated too.
Semiempirical potential energy 함수를 사용하여, 양이온이 tRNA에 미치는 영향을 이론적으로 살펴보았다. Mg양이온이 model Compound에 결합하는것과 anticodon loop의 수화현상을 결정하였으며, magnesium pentahydrate와 첫번째 수화껍질의 물들을 집어 넣을 때 안정화되는 에너지를 계산하였다.
이를 결과에서, magnesium pentahydrate가 단백질 합성시 anticodon loop의 유동성을 감소시키고, 큰 Y37 염기를 입체적으로 만족시키는 데 중요하다는 것을 알았다. Mg양이온이 수화 현상에 미치는 영향도 역시 알아보았다.
