서지주요정보
Context-specific biological network construction = 상황 특이적인 생물학적 네트워크 구축
서명 / 저자 Context-specific biological network construction = 상황 특이적인 생물학적 네트워크 구축 / You-Sang Jo.
저자명 Jo, You-Sang ; 조유상
발행사항 [대전 : 한국과학기술원, 2014].
Online Access 원문보기 원문인쇄

소장정보

등록번호

8027090

소장위치/청구기호

학술문화관(문화관) 보존서고

MBIS 14020

휴대폰 전송

도서상태

이용가능

대출가능

반납예정일

초록정보

Biological network shows various compositions of biological relations responds to various biomedical contexts such as disease and drug. Therefore, construction of context-specific biological network is very important problem to discover underlying biological principles respect to biomedical contexts. In recent studies, the approach is emerged that construct context-specific network by collecting biological relations related to context of interest from massive public biological database and literatures. Therefore, finding contexts related to context of interest is important problem of the research. However, there were limitations in previous researches that they only find limited range of contexts and they only considered pathological feature from ontology. In this research, two strategies were employed to overcome these limitations. Firstly, continuous similarity for all context term pairs were measured and biological relations which have context with higher similarity than minimum similarity threshold were included in context-specific network. Secondly, molecular biological feature from similarity between context-associated protein-protein interaction networks was employed and integrated to pathological similarity from ontology. Performance of proposed method was evaluated by F-score comparison and ROC curve and showed higher performance than previous methods. Context-specific biological network from this research will promote the research for underlying biological principle of biomedical contexts.

생물학적 네트워크란 단백질, 대사물질 등 한 세포 내에서 상호작용하는 다양한 물질들의 상호작용의 집합이다. 생물학적 네트워크는 질병, 약물 등 생물학적 시스템이 마주하게 되는 다양한 생물의학적 상황에 따라 서로 다른 형태와 양상을 가진다. 따라서 상황 특이적인 생물학적 네트워크를 구축하는 것은 특정 상황과 연관된 생물학적 원리를 밝혀내는 데에 매우 중요하다고 할 수 있다. 최근의 연구들에서는 기존에 대량으로 축적된 다양한 생물학적 데이터, 문헌 등에서 구축을 원하는 생물의학적 상황과 관련된 관계들을 수집하여 상황 특이적 네트워크의 구축이 이루어지고 있다. 따라서, 상황 특이적 네트워크의 구축에서 구축을 원하는 생물의학적 상황과 유사한 상황을 찾는 것은 매우 중요하다. 그러나, 기존의 연구들에서는 임의로 정해진 기준에 의해서 유사한 상황을 찾는다는 점과, 온톨로지에 내재된 병리학적 정보에만 전적으로 의지하며 유사한 상황을 찾는다는 한계점이 존재하였다. 본 연구에서는 두 가지 전략을 통해 기존의 한계점을 해결하고자 하였다. 첫 번째 전략은 임의로 정해진 기준으로 유사한 상황을 찾는 대신 모든 상황 정보 쌍들간의 연속적인 유사도를 산출하고, 구축을 원하는 상황과 일정 이상의 유사도를 갖는 상황만을 유사한 상황으로 정하는 것이다. 두 번째 전략은 온톨로지를 통한 병리학적 유사도만을 이용하는 대신, 각 상황과 관련된 단백질간 네트워크의 유사도를 이에 통합하여 분자생물학적 유사도를 함께 반영하는 것이다. 제안된 방법론의 성능은F-점수 비교, ROC 곡선의 방법을 통해 검증되었으며, 기존의 방법론보다 더 높은 성능을 가지는 것이 확인되었다. 본 연구를 통한 상황 특이적인 생물학적 네트워크의 구축은 다양한 방법을 통한 생물의학적 상황 속에 내재된 생물학적 원리에 대한 연구를 촉진할 것이다.

서지기타정보

서지기타정보
청구기호 {MBIS 14020
형태사항 v, 41p : 삽도 ; 30 cm
언어 영어
일반주기 저자명의 한글표기 : 조유상
지도교수의 영문표기 : Do-Heon Lee
지도교수의 한글표기 : 이도헌
학위논문 학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 바이오및뇌공학과,
서지주기 References : p. 36-37
주제 Context-specific biological network
Biomedical contexts
Similarity between biomedical contexts
상황 특이적인 생물학적 네트워크
생물의학적 상황
생물의학적 상황 간 유사도
QR CODE qr code