ATRIP, the regulatory protein of ATR, exits as one stable complex with ATR in human cells. Recent studies showed that ATR-ATRIP complex was localized to sites of DNA damage through interaction between N-terminal of ATRIP and RPA-ssDNA. And coiled-coil domain of ATRIP was predicated to be essential for stabilization of ATR binding and accumulation of ATR-ATRIP at DNA lesions. To characterize the structural feature of ATRIP, coiled-coil domain and N-terminal of ATRIP were investigated by NMR and biological approaches. CD spectra of N-terminal of ATRIP reveal that the second structure of N-terminal of ATRIP is dominated by a “random coil” contribution and is absent of tertiary structure. The unstructured N-terminal of ATRIP is further confirmed by 2-D 1H-15N HSQC characterized with narrow spreaded resonance frequency for amide protons both in 15N and 1H regions. However, NMR titration experiment shows that the folding structure of N-terminal of ATRIP can not be induced upon addition with RPA-ssDNA. Additionally, apparent binding between N-terminal of ATRIP and RPA-ssDNA can not be observed by pull-down assay using Ni-NTA agarose and chemical cross-linking with EDC in vitro. Regarding to coiled-coil domain of ATRIP, CD spectra reveals that coiled-coil domain of ATRIP is contributed by highly α-helix. And $2-D^1H-^{15}N$ HSQC of coiled-coil domain of ATRIP is characterized in highly order oligomerization. Furthermore, the highly order oligomerization of coiled-coil domain of ATRIP is determined to be likely induced by the common oligomeric interaction between coiled-coil domain $(ATRIP_{108-139aa})$ and coiled-coil domain $(ATRIP_{169-217aa})$.
ATRIP는 ATR의 파트너 단백질로서 인체 세포내에 ATR과 함께 안정한 복합체로 존재한다. 최근 연구에 의하면 ATR-ATRIP 복합체는 ATRIP N 터미널과 RPA-ssDNA의 상호작용에 의해 DNA 손상 부위에 함께 위치한다. ATRIP의 coiled-coil 도메인은 ATR 결합 안정화에 반드시 필요한것으로 알려져있다. ATRIP의 구조적 특징을 밝히기 위하여NMR과 생물학적 방법으로ATRIP의 coiled-coil 도메인과 N터미날을 분석하였다. ATRIP 의 N 터미날의CD 스펙트라 분석에 의하면ATRIP의 N 터미날의 2차구조는 random coil로 조성되었으며 3차구조는 없었다. ATRIP의 N 터미날이 3차구조를 형성하지 않는다는 사실은 2-D 1H-15N HSQC에 의해서도 증명되었다. ATRIP 의 N 터미날에 RPA-ssDNA 를 더해도 이 부분에 새로운 3차원 구조가 생기지 않았다. 또한ATRIP의 N 터미날과 RPA-ssDNA의 바인딩은 Ni-NTA 아가로즈와 EDC와의 케미칼 크로스 링킹을 이용한 pull-down 어세이에 의해서 확인되지 않았다. ATRIP의 coiled-coil 도메인에 대한 CD 스펙트럼에 의하면ATRIP의 coiled-coil 도메인은 α-helix로 이루어졌다. ATRIP의 coiled-coil 도메인의 2-D 1H-15N HSQC 스펙트럼은 이 부분이 올리고머를 형성하고 있다는 것을 보여주었다. 고도로 중합된ARTIP의coiled-coil 도메인은coiled-coil 도메인 $(ATRIP_{108-139aa})$ 앞 부분과 coiled-coil 도메인 $(ATRIP_{169-217aa})$ 뒷부분 모두 관여하는 상호작용에 의해 유발된것으로 추측된다.
