Chromosomal DNA replication in Escherichia coli starts from a single point called oriC which contains several DNA binding sites for several proteins such as IciA, DnaA and FIS in the DNA replication complex. By measuring survival frequency, a novel protein was identified as an oriC binding protein, Cnu (oriC-binding nucleoid-associated). Cnu is composed of 71 amino acids. Cnu has an extensive amino acid identity with Hha protein, an H-NS associate. Cnu was regarded as a specific H-NS binding protein based on in vivo analysis with knock-out mutants and in vitro cross-linking assay.
Genetic studies with cnu and has mutants suggested that Cnu binds to oriC only if Cnu complexes with H-NS. To characterize Cnu in DNA replication, the in vitro binding assay was studied. From gel retardation assay, Cnu itself does not bind to oriC but affects on the H-NS binding. This result supports the idea that the formation of Cnu:H-NS complex might be a key player in DNA replication.
대장균의 DNA 복제는 oriC 라고 불리는, IciA, DnaA, FIS와 같은 여러 단백질이 결합할 수 있는 자리가 존재하는 지점에서 시작한다. 최근 생존률 측정을 통한 in vivo DNA 결합 실험을 통해 새로운 oriC 결합 단백질로 생각되는 Cnu를 선별하였다. Cnu는 71개의 아미노산으로 구성되며 Hha와 높은 유사성을 가져, H-NS와 잘 결합함이 밝혀졌다. 그리하여 이 Cnu와 H-NS의 복합체 형성이 oriC에 대한 결합 및 DNA 복제 과정에 미칠 영향을 조사하는 것이 이번 연구의 목적이 되었다.
cnu와 hns의 돌연변이를 이용한 실험에서 H-NS의 존재 하에서만 Cnu와 oriC가 상관 관계를 갖는다고 예상되어 gel retardation을 통해 이를 확인하고자 하였다. Gel retardation assay 결과 Cnu 자체는 oriC DNA에 결합 능력이 없었고, Cnu와 H-NS 복합체는 DNA에 결합하였으나 H-NS만 결합할 때보다 결합력이 약해졌다. 이는 Cnu가 H-NS의 결합 방식에 영향을 주었기 때문이라고 볼 수 있다. Cnu와 H-NS 복합체의 oriC DNA 결합은 DNA 복제에 있어 하나의 역할을 담당할 것으로 예상할 수 있다.
