대장균과 일련의 장내 박테리아에서 발생하는 DNA의 어긋남은 대부분 두 가지 방법으로 교정되는데, 그 두 가지 과정이 Methyl-directed Mismatch Repair (MMR)와 Very Short Patch (VSP) repair이다. 이 중 VSP repair에 관여하는 가장 중요한 단백질이 Vsr endonuclease인데, 이 단백질은 VSP repair가 관여하는 DNA의 어긋난 부분을 찾고, 그에 대한 교정을 시작하는 단계를 담당하고 있다. MMR에 참여하는 단백질 중 MutL이라는 단백질은 VSP repair에도 관여한다는 사실이 알려져 있다. 실험관 내에서 Vsr의 일반적인 활성은 1%에 불과하지만 MutL이 일종의 촉매 역할을 하여 소량으로도 Vsr의 활성을 크게 끌어 올린다는 사실이 보고되어 있다. 또한 대장균의 성장 곡선에 따라서 VSP repair와 MMR이 서로 다른 시점에 크게 활성화된다는 것이 알려져 있기 때문에 이 두 단백질의 상호 작용이 두 repair process간의 regulation에 대해서 이해할 수 있는 단초를 제공할 것으로 보인다. Vsr과 MutL의 상호작용은 생화학적인 실험으로만 알려져 있고 구조적인 측면에서 다루어 지지 못하였기 때문에 NMR 실험을 통하여 이 두 단백질의 상호 작용에 대하여 알아보고자 하였다.
우선 NMR 실험 조건들을 잡기 위해서 Vsr과 MutL 단백질을 발현, 정제하였다. 그리고 Vsr에 대하여는 trypsin을 사용하여 N-terminal 쪽의 아미노산을 몇 개 제거한 truncated Vsr을 만들었고, MutL에 대하여는 thrombin을 사용하여 N-terminal 쪽의 LN40란 단백질을 정제하였다. 안정한 NMR sample 조건을 얻기 위하여 Vsr과 MutL, 그리고 이 둘의 복합체에 대한 수용액내 안정성 조건 실험을 하였지만, MutL 단백질의 안정성이 많이 부족한 것으로 나타났다. Vsr 단백질에 대한 NMR 실험 결과 peak들이 두 가지 형태로서 겹쳐서 나온 것을 확인할 수 있었다. 이러한 일련의 결과들은 Vsr과 MutL간의 상호작용에 대한 기본적인 정보를 제공할 수 있을 것이며 이러한 결과들을 토대로 어떻게 대장균 내에서 VSP repair와 MMR이 서로 조절되는 지 알 수 있게 될 것이다.
