Gene regulation is a complex process. Numerous factors appear to be required for the accurate temporal and spatial regulation of each gene. ABF1 is a sequence-specific transcription factor that is involved in disparate processes in yeast. ABF1 also binds DNA sequences associated with several ARSs. We carried out a genome wide prediction of ABF1 binding sites. Formaldehyde cross-linking was used to rapidly fix in vivo protein-DNA complex to conserve and analyze native structures. Antibody was used to immunoprecipitate ABF1 from the whole-cell extract. This describes a simple and sensitive method to determine whether a known protein is associated with specific DNA sequences. After cloning immunoprecipitated DNA into plasmid vector, PCR analysis of the cloned plasmid confirmed specific association of ABF1 with known target promoters. Sequencing and data base search were carried out. 93 sites that may bind with ABF1 were predicted. Among the predicted 93 sites, 7 sites corresponded with known sites. These results suggest that ABF1 may regulate many sites widely as well as known binding sites.
유전자 조절은 복잡한 반응이다. 수많은 인자들이 각각의 유전자들의 시간적, 공간적 조절을 위해 필요한 것처럼 보인다. ABF1은 효모에서 여러 다른 과정에 관여하는 자리 특이적 전사인자이다. 우리는 ABF1이 붙는 자리를 게놈수준에서 예측하였다. 포름알데히드 상호연쇄 연결반응이 세포 본래 구조을 유지하면서 연구가 가능하도록 단백질-디엔에이 결합체를 고정시키기 위해서 사용되었다. 포름알데히드 상호연쇄연결 반응시간이 다양하게 이루어졌을 때 60분이 가장 적당했다. 디엔에이가 평균 0.1 - 1kb정도로 잘려지도록 초음파 분해하였다. 전체 세포 추출액에서 ABF1이 고정시키고 있었던 디엔에이를 침전시키기 위해서 항체가 사용되었다. 이 방법은 기존의 알려진 단백질이 알려진 디엔에이 자리와 연계되어있다면 연구하기에 좋은방법이다. 항체침전법을 이용해 얻어진 단백질-디엔에이 결합체에서 디엔에이를 선택적으로 분리한 뒤, 그 디엔에이를 벡터에 클로닝하기 위해서 Sau3A1 효소로 처리하였다. 이 디엔에이를Sau3A1 효소 자름 위치와 상보적인 BamH1효소로 처리된 벡터에 클로닝 하였다. 삽입된 디엔에이를 시퀀싱해서 그 데이터로 효모 게놈 전체에서 어디에 위치하고 있는지 분석이 이루어졌다. 데이터분석에 의해서 93개의 자리가 예상되었다. 실험결과로 예상된 93개의 디엔에이 자리에서 7개의 자리가 이미 알려진 ABF1 전사인자의 전사촉진자리 20개중의 일부와 일치됨을 확인하였다. 이것은 ABF1이 조절하는 곳이 이미 알려진 자리뿐 아니라 좀 더 광범위하게 조절하는 자리가 있다는 것을 제시해준다.
