Stomach cancer is an abundant disease in Korean people. In order to identify the genes associated with stomach cancer risk, association study carried out using single nucleotide polymorphisms (SNPs) as a genetic marker. SNPs of selected candidate genes were allelotyped and haplotyped with normal and patient individual samples of Korean population, using the MassARRAY system that consists of homogeneous reactions of probe extension, MALDI-TOF mass spectrometry and SNP allelotyping software. After 39 SNPs in 18 genes were chosen, they were assayed with 200 normal and 197 patient individual samples. Chi-square and odds ratio tests for allele and genotype showed that 8 SNPs in 3 genes would be linked with stomach cancer. In GENE 1, 329 (G/A), 330a (A/G), 331a (A/T), 331d (C/T), 2066(G/A) and 1288 (A/T) were significantly different between two groups. In GENE 2, GENE 3, 345(A/G) and 547(G/A) was statistically significant (P-value<0.05). Based on each SNP allele frequency data, haplotyping analysis carried out through an EM computer program. Haplotyping analysis suggested another suspicious gene that would be linked stomach cancer. Haplotype 4 (666 C-667c G) of LAMA showed significance level (P-value<0.05). These data show that some single nucleotide polymorphisms and haplotypes consisted of some SNPs are associated with stomach cancer and association study is practically effective.
위암은 한국인에게 흔히 발병하는 암 중에 하나이다. 위암을 일으키는 유전적 원인이 되는 유전자를 찾기 위해 단일 염기 다형성을 유전적 마커로 이용하여 association study를 수행하였다. 공공 데이터 베이스에서 단일 염기 다형성에 대한 자료를 모은 후, 이 자료를 토대로 일반인 샘플을 이용하여 단일 염기 다형성이 맞는지 확인한 후, 작은 단위로 일반인과 환자군 샘플을 이용하여 유의 수준을 보이는 단일 염기 다형성을 선택하였다. 선택된 단일 염기 다형성에 대해 대조군과 환자군 샘플 수를 각각 200 명씩으로 하여 개개인의 단일 염기 다형성을 질량 분석기로 조사하였다. 결과를 토대로 통계 처리를 해 본 결과 3개의 유전자에 위치한 8개 단일 염기 다형성이 통계적으로 유의한 수준으로 대조군과 환자군에서 차이를 보였다. 또한 각 유전자에 있는 단일 염기 다형성으로 구성된 하플로타입 (haplotype)의 빈도를 컴퓨터 프로그램을 사용하여 계산하여 보았다. 그 계산 결과를 바탕으로 하여 두 그룹군을 비교한 결과 또한 새로운 1개의 유전자에서 유의한 수준을 보이는 하플로 타입을 찾을 수가 있었다. 이 결과들은 위의 4개의 유전자가 위암의 발병과 연관이 되어 있을 것이라는 암시해 주고 있다. 이 연구는 association study가 질병과 연관된 유전자를 찾을 수 있다는 실제적인 예를 보여주고 있다.
