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Taxonomical study of Gordonia sihwensis SPR2, a novel nitrate-reducing bacterium isolated from the wastewater of the lake, Sihwa = 시화호의 폐수로부터 분리된 새로운 질산염 환원균, Gordonia sihwensis SPR2의 분류학적 연구
서명 / 저자 Taxonomical study of Gordonia sihwensis SPR2, a novel nitrate-reducing bacterium isolated from the wastewater of the lake, Sihwa = 시화호의 폐수로부터 분리된 새로운 질산염 환원균, Gordonia sihwensis SPR2의 분류학적 연구 / Kwang-Kyu Kim.
발행사항 [대전 : 한국과학기술원, 2002].
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A nitrate-reducing bacterium strain $SPR2^T$ was isolated from the wastewater of the lake, Sihwa, Korea. The strain was aerobic but could grow under anaerobic condition. It was Gram-positive, exhibited white rough colonies on complex nutrient agar, produced elementary branching hyphae which fragmented into rod/coccus like elements, and showed chemotaxonomic markers which were consistent with the classification of Gordonia, i.e. meso-diaminopimelic acid, arabinose and galactose in whole cell hydrolysates (cell wall chemotype IV), N-glycolylmuramic acid in the peptidoglycan wall, a fatty acid pattern composed of unbranched saturated and monounsaturated fatty acids plus tuberculostearic acid (TBSA), mycolic acids comprising 48-56 carbon atoms, and MK-9 $(H_2)$ as a predominant menaquinone. With 98.2 % and 97.9 % the 16S rDNA sequence of strain $SPR2^T$ showed the highest similarity to those of the type strains Gordonia amicalis DSM $44461^T$ and Gordonia hydrophobica DSM $44015^T$, respectively. These values were far below 99.5 % usually found at the intraspecies level and they were at the same range which separates species at the intrageneric level. The separate phylogenetic position of $SPR2^T$ was supported by differences in fatty acid and mycolic acid composition and in carbon utilization tests which distinguished strain $SPR2^T$ from all known Gordonia species. The combined genotypic and phenotypic data show that strain $SPR2^T$ merits recognition as a new species within genus Gordonia for which the name Gordonia sihwensis is proposed; the type strain is $SPR2^T (= DSM 44576^T)$.

시화호의 폐수로부터 새로운 질산염 환원균 SPR2가 분리되었다. 이 균주는 호기성이나 비호기조건에서도 성장할 수 있었다. 또한 그람양성균이고, nutrient agar 배지에서 흰색의 거친 콜로니를 형성했으며, 구상이나 간상으로 부서지는 일차적인 균사를 형성했고, 고도니아 (Gordonia) 속으로 분류되는 화학분류적 특성들을 보였다. 이런 특성들에는 세포벽 성분으로 meso-diaminopimelic acid, 세포의 가수분해 산물로 arabinose와 galactose (cell wall chemotype IV), 펩티도글리칸의 구성성분으로 N-glycolylmuramic acid, 분지되지 않은 포화지방산과 불포화지방산, 그리고 tuberculo-stearic acid로 구성된 지방산 패턴, 48-56개의 탄소원자로 구성된 mycolic acid 패턴, 주 메나퀴논으로 $MK-9(H_2)$ 등이 있었다. 균주 SPR2의 16S rDNA 염기서열은 고도니아 아미칼리스 $(Gordonia amicalis DSM 44461^T)$와 고도니아 하이드로포비카 $(Gordonia hydrophobica DSM 44015^T)$ 대표 균주들의 염기서열과 각각 98.2, 97.9 %의 상동성을 보였다. 이 수치는 같은 종 내에서 발견되는 99.5 %의 상동성보다 훨씬 낮은 수치였으며, 속내에서 종들을 분리하는 범위에 속해 있었다. 균주 SPR2는 계통수 상에서 완전히 떨어진 위치를 차지하고 있었으며, 이런 계통적 위치는 모든 알려진 고도니아 속내의 종들과 지방산과 mycolic acid 패턴, 탄소기질이용패턴에서의 차이들에 의해 더욱 뒷받침되었다. 유전자형과 표현형에서 나타나는 종합적인 결과들은 SPR2가 고도니아 속내에서 새로운 종이라는 것을 보여 주고 있으며, 새로운 종으로 고도니아 시휀시스 (Gordonia sihwensis sp. nov.)를 제안한다.

서지기타정보

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청구기호 {MBS 02028
형태사항 [iv], 32 p : 삽화 ; 26 cm
언어 영어
일반주기 저자명의 한글표기 : 김광규
지도교수의 영문표기 : Sung-Taik Lee
지도교수의 한글표기 : 이성택
학위논문 학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 생물과학과,
서지주기 Reference : p. 27-29
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