A universal DNA tag system is a set of short single-stranded pieces of DNA(oligonucleotides) where each oligonucleotide has a much greater tendency to hybridize with its own Watson-Crick complement than the complement of the other oligonucleotides in the set. The oligonucleotides are referred to as tags and their Watson-Crick complements are referred to as antitags. It has a variety of uses especially labeling distinct chemicals.
We implement an algorithm to design these oligonucleotides, apply the algorithm to generate a DNA tag system of other ratios of ω(C or G) / ω(A or T), and to find the largest string that uses each token at most once for a given collection of c-tokens.
보편적인 DNA 태그 시스템은 DNA의 짧은 단일 가닥의 단편(oligonucleotide)으로 되어 있는 집합으로서, 각 oligonucleotide는 다른 oligonucleotide와의 결합보다는 그의 짝으로 작용하는 Watson-Crick의 상보체와 훨씬 더 이중나선형성이 잘 되는 경향이 있다. 이Oligonucleotide를 태그라고 하고, 그와 결합하는 Watson-Crick 상보체를 안티 태그라고 한다. 이 시스템은 다양한 응용이 가능한데 특히 서로 다른 화학물질을 표시하는 경우에 유용하다.
이 논문에서 우리는 이러한 보편적인 DNA 태그 시스템 성질을 만족하는 Oligonucleotide들을 설계하기 위한 알고리즘에 대해 알아보고, 이 알고리즘을 다른 ω(C or G)/ω(A or T) 비율의 DNA 태그 시스템을 만드는 경우에 이용해보며, c에 관한 주어진 표식(c-token)을 최대 한번씩 이용하여 가장 긴 단일 가닥을 찾는 경우에도 적용해본다.
