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Classification of strain Chj404 using polyphasic taxonomy = Polyphasic 분류법을 이용한 균주 Chj404의 분류
서명 / 저자 Classification of strain Chj404 using polyphasic taxonomy = Polyphasic 분류법을 이용한 균주 Chj404의 분류 / Wan-Taek Im.
저자명 Im, Wan-Taek ; 임완택
발행사항 [대전 : 한국과학기술원, 2001].
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초록정보

In order to study a microbial diversity and to find novel bacteria, we isolated 601 strains from various soil and seawater samples collected from several environmental sites including Uleung-Do (Island), tidelands of Western Coast, and contaminated stream near the industrial complex in Chung-ju City. Out of the isolates, 42 strains were identified with 16S rDNA partial sequencing. Among them, 13 strains exhibited less than 97% similarity in their base pair to the best-matched strains conserved in GeneBank database. One of bacteria, Strain Chj404 was subject to polyphasic taxonomy for the precise classification. On the basis of phenotypic characteristics, fatty acid analysis and 16S rDNA sequence analysis, it was considered to be a new species belonging to a new genus. It was a Gram-negative, aerobic, coccoid-rod shaped bacterium. It grew well on nutrient agar medium and utilizes a broad spectrum of carbon source. The G + C content of the DNA is 67%. Main composition of ubiquinone is Q-8 and the residues are composed of Q-7, Q-9, and Q-10. The Major fatty acid is $C_{18:1}$ cultured on TSA agar for 24 hours, but $C_{19:0}$ cycloω8c for 48 hours. The 16S rDNA sequence of strain Chj404 has been deposited at GeneBank as AY039817. Comparative 16S rDNA studies show a clear affiliation of this bacterium to the alpha-2 subgroup of Proteobacteria. Comparison of phylogenetic data indicates that it is most closely related to Chelatococcus asaccharovorans DSM $6462^T$ (90.3% similarity in 16S rDNA sequence). Since strain Chj404 is clearly distinct from closely related species, I propose the name Kaistia adipata gen. nov., sp. nov. for this strain Chj404.

미생물의 다양성의 연구와 새로운 박테리아를 찾기 위해 우리 실험실에서는 우리 나라 곳곳의 산과, 바닷물에서 샘플을 떠와서 601균주를 분리하였다. 샘플을 떠 온 곳은 울릉도 섬과, 바닷물, 서해안의 바닷물과 갯벌, 그리고 청주시 산업단지 근처의 개울가, 여러 군데 하수 종말 처리장, 옥천금암리 등이었다. 이 601개의 균주 중에서 42 균주를 선별하여 16S rDNA 염기서열을 밝혀 동정하였다. 이 42 균중 13 균주는 지금까지 알려진 균주의 16S rDNA의 염기서열과 비교하면 97% 미만의 유사성이 나왔다. 이 중에서 균주 Chj404를 선발하여 정확한 분류를 하기 위해 polyphasic 분류법에 필요한 실험을 하였다. 형태학적인 관찰과, 생리 생화확적인 특성 관찰, 전체 세포의 지방산 조성의 분석, 세포 막에 있는 퀴논의 분석, 전체 DNA의 염기조성의 분석, 그리고 16S rDNA의 계통학적 분석을 통해 균주 Chj404는 새로운 genus에 속하는 새로운 종이 될 수 있다고 여겨졌다. 이 균은 그람염색 음성이고, 호기적이며, 둥글면서도 약간 길쭉한 모양도 있었다. 일반 누트리언트 영양배지에서 잘 자랐으며 많은 영역의 탄소원을 이용할 수 있었으며, 특징으로는 젖당을 이용할 수 있었다. 전체 DNA의 G+C 염기조성의 양은 67% 였고, 퀴논은 유비퀴논 Q-8이 주성분이었고, Q-7, Q-9, Q-10도 적은 비율로 존재하였다. TSA 아가배지에 24시간 자란 후 주요 지방산은 $C_{18:1}$ (팔미토레익산)이었고, 48시간 자란 후에는 주요 지방산이 $C_{19:0}$ cycloω8c로 전환되었다. 균주 Chj404의 16S rDNA의 염기서열은 GeneBank에 AY039817 번호를 저장되었다. 16S rDNA의 비교연구를 실행한 결과 이 균은 프로티오박테리아 그룹의 알파-2 서브그룹에 속해졌다. 계통발생학적인 비교 데이터로는 이 균주는 Chelatococcus asaccharovorans DSM $6462^T$라는 균주와 90.3% 16S rDNA 염기서열 유사성이 있었다. 이 균주를 다른 연관된 가까운 균주와 여러가지 측면에서 관찰해볼 때, 이 균주는 다른 균주들과는 확실하게 구분이 되었으므로 이 Chj404라는 균주를 새로운 속 새로운 종, Kaistia adipata 라는 이름으로 제안한다.

서지기타정보

서지기타정보
청구기호 {MBS 01023
형태사항 iv, 37p : 삽도 ; 26 cm
언어 영어
일반주기 저자명의 한글표기 : 임완택
지도교수의 영문표기 : Sung-Taik Lee
지도교수의 한글표기 : 이성택
학위논문 학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 생물과학과,
서지주기 Reference : p. 33-34
주제 Classification of bacteria
Identification of bacteria
polyphaic taxonomy
molecular taxonomy
미생물분류
미생물동정
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