Hepatitis G virus (HGV) which was first cloned from the plasma of a patient in 1996 share sequence similarity with hepatitis C virus (HCV). HGV nonstructural protein 3 (NS3) also contains the amino acid sequence motifs typical of ATPase and RNA helicase proteins like the HCV NS3 protein. To characterize the detail biochemical property and compare it with that of HCV NS3 protein and other Flaviviridae NS3 protein, we purified HGV NS3 protein. The purified HGV NS3 protein possessed RNA-stimulated NTPase activity. Characterization of the NTPase activities of HGV NS3 showed that the optimal reaction conditions were similar to those of other Flaviviridae viral NS3 proteins. However, the kinetic analysis of NTPase activity showed that the HGV NS3 protein had several unique properties compared to the other Flaviviridae NS3 proteins. We also investigated the effect of different polynucleotides on the NTPase activity of HGV NS3 protein. HGV NS3 protein ATPase activity was greatly enhanced in the presence of homopolymer poly(U). Poly(A) has the similar effect with poly(U). Poly(G) and duplex polynucleotide have the marginal capacity to enhance the enzymatic activity. The minimal binding size for oligonucleotide of the HGV NS3 protein was determined by measuring the NTPase activity stimulated by oligonucleotides and the filter binding assay. It was about 11 nucleotides.
In another series of experiment, we tried to find cellular proteins that can interact with the HGV NS3 protein using yeast two hybrid method. It was revealed that Ash/Grb2, elongation factor-1-alpha, TRAF-3, 32kDa subunit of replication protein A, heat-shock protein 86 (hsp86) and proliferation associated gene (pag) product bound to the HGV NS3 protein. These results were verified through in vitro and in vivo binding assay. These results help us understanding in vivo function of HGV NS3 protein.
G형 간염 바이러스(HGV)는 C형 간염 바이러스와 염기 서열이 유사한 것으로 알려져 있으며 그 genomic RNA는 구조적 단백질과 비구조적 단백질을 만드는 약 9.4 kb의 하나의 단백질 발현 염기서열을 가지고 있다. 이것으로 부터 만들어지는 비구조적 단백질 3 (NS3)는 NTPase/Helicase 활성에 특징적인 염기서열을 가지고 있기때문에 이 단백질은 발현시켜 분리 한후 그 활성을 알아보고 다른 Flaviviridae 바이러스의 비구조적 단백질 3(NS3)과 비교해보았다. 분리된 단백질은 NTPase 활성을 가지고 있었으며 그 최적 조건은 다른 Flaviviridae 바이러스의 그것과 비슷했다. 모든 dTTP를 제외한 NTPs와 dNTPs는 효과적으로 분해되었고 Poly(U)의 존재하에서는 그 효소 효율이 40배까지 증가하였다. Poly(A)는 Poly(U)와 비슨한 효과를 가졌으며 Poly(G)나 duplex oligonucleotide는 효소 활성을 거의 증가시키지 못하였다. HGV 비구조 단백질 3(NS3)에 결합하는 oligonucleotide의 최소결합크기는 11 nucleotides로 밝혀졌다.
또 다른 실험에서는 Yeast two hybrid assay를 통해 HGV 비구조 단백질3(NS3)이 세포안에서 어떤 단백질과 결합하는지를 알아보았다. 이 실험결과 Ash/Grb2, Elongation factor-1 alpha, TRAF3, Replication protein의 32kDa subunit, heat shock protein 86 그리고 proliferation associated gene product가 비구조 단백질 3(NS3)과 결합하는것으로 밝혀졌으며 이러한 실험 결과는 in vivo와 in vitro binding assay로 증명되었다. 이 사실은 HGV의 비구조적 단백질 3(NS3)가 세포안에서 어떠한 기능을 하는지에 대한 지표가 될 것이다.
