dsRNA-binding proteins (dsRBPs) specifically bind to double-stranded RNA (dsRNA) and their interaction plays an important role in cellular immune response and metabolism. However, the study of dsRBPs is still insufficient, and the method to accurately classify which is dsRBPs is not yet verified. In this thesis, I showed that pulldown assay is an appropriate method to collect dsRBPs from whole cell lysate. Among the various conditions, I found the optimal conditions to identify dsRBPs within cells and verified them from the experiments. From this optimized experiment, I successfully isolated only dsRBPS from human cell lysates. To identify these dsRBP lysates, protein aggregation should be avoided. Therefore, I tested an experimental model that uses RNase A to degrade dsRNA and consequently elute the protein. Additionally, after separating cells into cytoplasm and nucleus by cell fractionation, I test whether dsRBPs in each lysate could be extracted by pull-down analysis. Although additional research is needed, my study presents an experimental model that can be widely applied in future dsRNA-binding protein screening experiments.
이중나선 RNA 결합 단백질은 이중나선 RNA에 특이적으로 결합하며, 이들의 상호 작용은 세포 면역 반응 및 대사에서 중요한 역할을 한다. 그러나 이중나선 RNA 결합 단백질에 대한 연구는 아직 미흡한 부분이 많으며, 특히 이중나선 RNA 결합 단백질을 정확하게 분류하는 방법은 아직 정립되지 않았다. 본 논문에서는 이중나선 RNA 풀다운 분석이 전체 세포 용해물에서 이중나선 RNA 결합 단백질을 수집하는 데 적합한 방법임을 보여준다. 다양한 조건 중, 나는 세포 내에서 더 많은 이중나선 RNA 결합 단백질을 식별할 수 있는 최적의 조건을 찾아 실험으로 입증하였다. 이중나선 RNA 결합 단백질 용해물을 동정해내기 위해서는 단백질 응집을 피할 필요가 있었다. 따라서 나는 리보뉴클레아제 A를 사용하여 이중나선 RNA를 분해하여 단백질을 용출해내는 실험 모델을 테스트했다. 추가적으로 세포분획법으로 세포를 세포질과 핵으로 분리한 후, 풀다운 분석으로 각 용해물에 있는 이중나선 RNA 결합 단백질들을 추출할 수 있는지를 확인하였다. 아직은 추가적인 연구가 필요하지만, 나의 연구는 앞으로의 이중나선 RNA 결합 단백질 스크리닝 실험에서 폭넓게 적용할 수 있는 실험 모델을 제시한다.
