In Breast Cancer patients, Homologous Recombination deficiency(HRD) is an important factor for prediction drug response and prognosis. Many researchers suggested that somatic alteration or expression pattern of BRCA1/2 and RAD51C is biomarkers for HRD. However, the prediction of drug response and prognosis in patients without these events have been limited.
In this study, I classified to HRD and Non-HRD group in 394 BRCA active patients. These groups showed significantly different splicing pattern, these genes were enriched DAN repair and response to DNA damage pathway. To shed light on the reason why BRCA active samples have high HRD, conducted an transcript usage(TU) analysis. Interestingly, significantly different TU was found between HRD and Non-HRD group. Finally, confirmed that these TU were highly correlated with drug response. Sum of that indicate that TU can be used to new biomarker for HRD in BRCA active samples.
유방암환자들에서 상동재조합수리결핍은 약물 반응성 및 예후 예측에 중요한 요소이다. 때문에 많은 연구진들이 BRCA1/2 그리고 RAD51C 유전자의 돌연변이 혹은 발현 성향을 결핍의 지표로 제안했다. 하지만 이러한 현상이 없는 환자들에서의 약물 반응성이나 예후 예측은 제한되어 왔다.
본 연구에서는 BRCA1/2가 활성화된 394명의 유방암 환자를 상동재조합수리결핍이 높은 그룹과 낮은 그룹으로 나누어 그룹 간 스플라이싱 양상이 유의하게 다른 유전자들이 특히 DNA 수리 그리고 DNA 손상에 대한 반응과 관련된 기능에 밀집해 있음을 발견하였다. 이에 기반하여 BRCA1/2 활성화 환자들의 상동재조합결핍의 이유를 밝히기 위해 DNA수리 및 손상에 대한 반응 과 관련된 유전자들의 전사체 발현량을 확인하였다. 흥미롭게도 결핍이 높은 집단과 낮은 집단에서 상당히 유의한 차이를 보이는 전사체가 발견되었고, 그것이 세포단위에서 약물 반응성과도 유의한 상관관계가 있음을 밝힘으로써 전사체 분석이 새로운 결핍 표지인자로 사용될 수 있는 가능성을 제시하였다.
