A rat liver cDNA library was screened for a prothrombin gene using a cDNA coding human prothrombin as a probe. Twelve plaques identified by first screening were further screened. Two plaques were selected for sequencing. The DNA sequence of the gene coding rat prothrombin have been determined. It consists of 1950 nucleotide and encodes an ORF of 1851 nucleotide, 22 bp noncoding regions at 5' end and 97 bp noncoding regions at 3' end that do not have poly A tail and poly A attachment signal, AATAAA. It shows 80% homology with human prothrombin. Comparative analysis of region having considerable sequence homology between human and rat prothrombin suggests that the functional and structural domains and post translational modification sites in rat prothrombin can be mapped. The signal peptide, the cleavage sites, $\gamma$-carboxylated region, glycosylaton attachment sites and the cleavage sites by factor Xa in rat prothrombin can be presumed by comparative analysis. Rat prothrombin cDNA was expressed in E. coli as a fusion protein using pGEX-3X vector system.
간에서 특이하게 발현되는 쥐의 프로트롬빈 cDNA를 이미 클로닝 된 인간의 프로트롬빈을 탐침으로 사용하여 스크리닝하였다. 2 개의 positive plaques 를 찾아서 이것의 DNA 염기서열을 분석하였다. 알아본 염기서열은 5' 쪽의 22 염기로 된 비해독 부분과 3' 쪽의 97 염기로 구성된 비해독 부분과 단백질을 만들 수 있는 1851 염기로 구성되어 있다. 염기서열로 얻은 쥐 프로트롬빈 아미노산은 인간의 프로트롬빈과 80% 유사성을 가지고 있다. 이런 높은 유사성을 이용하여 인간의 프로트롬빈에서 볼 수 있는 구조와 기능을 담당하는 부분과 post-translation modificatioon 을 받는 부분을 쥐의 프로트롬빈에서 쉽게 찾을 수 있다. signal peptide 와 signal peptidase 의해 잘리는 부분, carboxylation 이 되는 곳, factor Xa 의해 잘리는 곳을 비교분석을 통해서 알 수 있었다. 이렇게 타종 간에 잘 보전되는 부분은 프로트롬빈의 구조와 기능에 중요한 역할을 한다고 볼 수 있다. 구조와 기능의 관련을 알기 위한 첫 단계로 쥐의 프로트롬빈 cDNA 유전자를 대장균에서 pGEX-3X vector 를 사용하여 융합 단백질을 만들었다.
