To clone the phage SP6 RNA polymerase gene, phage SP6 genome was cleaved with DraI and BstXI and 2.9 kb fragment containing SP6 RNA polymerase gene was obtained. We attempted to clone this fragment into pUC19 and pBR322, but it was unsuccessful. We speculate that this is because of an unclonable sequence which seems to have lethal effect on host cells. The location of the sequence is close upstream of the $5'$ end of the structural gene. To overcome this problem, we split the DraI/BstXI fragment with KpnI which cleaves the fragment into about $\frac{2}{5}$ and $\frac{3}{5}$ of the total length. The downstream $\frac{3}{5}$ of the gene was inserted into pUC19. To clone the 5' portion of the gene, PCR technique was used to synthesize DNA from the beginning of the structural gene to the KpnI site. Also, to find out the function of the $5'$ proximal region of the gene, a fragment was obtained by cleavage with Sau3AI which cleaves at 63 bp downstream from transcription initiation site. The fragment was inserted into pUC18. In turn, this fragment and the fragment which is downstream three fifths of the gene was joined together and inserted into expression vector pTTQ19.
파아지 SP6 RNA 중합효소의 유전자를 클로닝 하기 위하여, 파아지 SP6 전체 DNA중 이 유전자가 들어있는 DraI-BstXI 조각을 (2.9 kb) 벡타인 pUC19와 pBR322에 클로닝을 시도했으나 이 유전자 바로 앞부분에 lethal 할 것으로 추정되는 염기서열로 인하여 얻지 못했다. 이를 극복하기 위해 이 효소의 유전자를 약 $\frac{2}{5}$ 와 $\frac{3}{5}$ 으로 절단하는 제한 효소 KpnI을 사용하여 아래부분인 KpnI-BstXI 조각을 플라스미드 pUC19 에 클로닝하였으며, 앞 부분을 클로닝하기 위해 이 유전자 바로 앞에서 KpnI 인식자리 바로 다음까지 중합효소 연쇄반응 (polymerase chain reaction)을 이용해 합성했다. 또한 이 중합효소의 N-말단 부위의 기능을 알기 위하여 전사 개시 자리에서 63개의 염기쌍 뒤에 인식 자리가 있는 제한효소 Sau3AI 를 이용해 Sau3AI-KpnI 조각을 플라스미드 pUC18 에 넣었고 이것을 $\frac{3}{5}$ 아래 부분과 이어서 발현 벡타인 pTTQ19에 클로닝했다.