The transcription initiation sites of the phage SP6 initiation sequence mutants containing deletions around the wild-type initiation site were determined. It could be possible to obtain sequencing ladders in high-resolution polyacrylamide-urea gel electrophoresis, using the phage SP6 RNA polymerase under the in vitro transcription conditions where the limiting concentration of a ribonucleotide causes the polymerase to pause long enough and terminate at the positions of the nucleotide. Precise sizing of the transcripts produced by this abortive elongation determined the initiation site of each mutant. When the wild-type position +1 G is changed to C, it still starts at the C. Also the wild-type position +1 G is changed to A, it still starts at the A. But, the mutant containing CCC sequence from -1 to +2 starts transcription at the C at both the wild-type position -1 and +1 with equal frequency.
한 리보뉴클레오타이드의 농도가 수 십 uM 농도 이하의 전사반응조건에서 파아지 SP6 RNA 중합효소는 DNA 상의 그 염기위치에서 멈추어 고해상도의 polyacrylamide-urea 겔 전기영동을 통하여 sequencing ladder를 얻을 수 있었다. 또한 파아지 SP6 RNA 중합효소는 전사개시에서 6개 염기길이의 RNA를 합성한 후에 순환반응을 벗어남을 발견하였다. 위의 sequencing ladder를 이용하여 파아지 SP6 promoter의 전사개시위치 부근의 염기순서가 변한 promoter 변이들의 전사개시위치를 정확히 결정할 수 있었다. 전사개시위치 윗 부분의 염기순서는 그대로 인 채 +1 위치가 A 또는 C 로 변한 경우 여전히 +1 위치에서 전사개시가 이루어 졌고 -1 위치와 +1 위치가 둘 다 C인 promoter 변이의 경우는 전사개시가 이들 두 위치에서 같은 비율로 시작함을 알 수 있었다.
