Understanding protein-protein interactions (PPIs) in domain level provides valuable information about binding mechanisms and functional roles of interacting proteins. Previous researches tried to identify domain-domain interactions (DDIs) from 3D structure of protein complexes but the available number of 3D structures is limited. Recently, several computational approaches have been proposed to predict DDIs from PPI information. Each predicting data, however, covers only small amount of unknown DDIs and it is hard to compare the reliability of DDIs from various data due to the different scoring scheme.
Integrated database of Domain-Domain Interaction (IDDI) is a new database of DDIs combining 23 DDI data. It contains a total 204705 unique DDIs among 7351 Pfam domains. We also invented a reliability scoring scheme for predicted DDIs which consider the confidence of predicting data and accessed prediction scores from different prediction methods. Our result shows the IDDI is significantly improved than previous works in terms of the amount of DDIs and the reliability scoring scheme. In addition, we constructed a new comprehensive database of DDIs and joined it with combined PPI data. Every verified and predicted DDIs and PPIs can be easily accessed with their reliability scores through our web interface which is freely available at http://pcode.kaist.ac.kr/iddi
도메인 단계에서의 단백질-단백질 상호작용의 이해는 결합 메커니즘과 상호작용하는 단백질의 기능적 역활에 대한 중요한 정보를 제공한다. 기존 연구들은 3차 구조가 알려진 단백질 복합체로부터 도메인-도메인 상호작용 정보를 추출하였으나 이용 가능한 3차 구조의 수가 적다는 단점이 있다. 때문에 최근에 단백질-단백질 상호작용 정보로부터 도메인-도메인 상호작용 정보를 예측하는 몇 가지 방법들이 제안되었다. 하지만 각각의 도메인-도메인 상호작용 예측 데이터들은 여전히 적은 수의 도메인-도메인 상호작용 정보만을 제공하며, 또 예측 방법의 차이로 인하여 다른 데이터에서 얻어진 도메인-도메인 상호작용과의 신뢰도 비교가 불가능하다는 단점이 있다.
Integrated database of Domain-Domain Interaction (IDDI)는 23개의 도메인-도메인 상호작용 데이터를 통합한 새로운 통합 데이터베이스로 7351개의 Pfam 도메인간의 204705개의 도메인-도메인 상호작용 정보를 포함한다. 또한 도메인-도메인 상호작용 예측 데이터의 정확도 점수와 예측 데이터간의 독립성, 자체적인 예측 방법으로 계산된 예측 점수를 고려한 새로운 신뢰도 점수 계산 방법을 개발하였다. 그 결과 IDDI는 기존 연구들에 비하여 도메인-도메인 상호작용 정보의 수와 신뢰도 계산 방법에 있어 발전되었음 알 수 있었다. 또한 IDDI는 통합 PPI 데이터와의 연계된 시스템을 구축하였다. 도메인-도메인 상호작용 정보와 단백질-단백질 상호작용 정보, 그리고 그 들의 상관 관계는 http://pcode.kaist.ac.kr/iddi에서 자유롭게 확인할 수 있다.