An empirical energy function is a combination of mathematical equations and their parameterizations to calculate the free energy of a chemical compound. Calculating energy values from some given chemical structure, especially on a protein structure, is a key process to analyze the structural strength of the given compound. Research on the influence of geometric aspects on the energy calculation, however, has not been done intensively considering the importance of geometrical characteristics, such as bond length, when analyzing proteins where its structure plays important role in determination of its biological function. Analysis on the characteristics of geometric features imposed by empirical energy functions are presented and discussed with results from energy calculations by 3 different widely used parameterizations. The result shows visible connection between the calculated energy values and geometric bonding patterns, despite few limitations reported during the analysis.
경험적 에너지 함수는 화학 구조물의 에너지를 계산하기 위한 수학 식들의 집합과 그에 필요한 매개 변수들로 이루어져 있다. 단백질과 같은 화학 구조물의 구조적 안정도를 측정하기 위해선 해당 구조물이 지니는 에너지값을 계산하는 것이 가장 핵심적인 절차라고 할 수 있다. 하지만 정작 중요한 요소라고 할 수 있는 두 원소 사이의 거리같은 기하학적인 성질이 에너지 계산 원리에 미치는 영향에 관한 연구는 단백질의 구조가 단백질의 생물학적 역할을 결정짓는데 결정적인 역할을 한다는 사실에 비추어 볼때 충분히 수행되지 않아왔다. 본 논문에서는 경험적 에너지 함수들이 기하학적인 요소들에 비치는 성질을 3가지 매개 변수 집합으로 각각 계산한 에너지 값들을 통해 분석한 결과가 주어진다. 이 결과에서는 몇가지 제한점에도 불구하고 계산된 에너지 값들과 기하학적인 화학결합 형태간에 가시적인 연관성들을 찾을 수 있음을 보여준다.
