The flhDC genes of E.coli constitute the master operon required for the expression of the entire flagellar regulon. H-NS protein, a global regulator, is required for biogenesis of flagella, whose defect causes non-flagellation due to a reduced transcription of flhDC. In contrast to wild type, the OW1 strain produced flagella when hns mutation was introduced. Genetic tagging and mapping analyses revealed that the mutation named hcf lies in the 41min region of E.coli genome.
The ScanProm was exploited to search for a novel gene belonging to the class III flagellar regulon from the E. coli genome database. The search template includes the previously defined 4 bp (-35) and 8 bp (-10) promoter elements, presumably recognized by the flagella-specific $σ^F$, with an additional 4 bps at 3' of the -35 consensus. Among the highly scored candidate genes obtained from the whole genome sequence, the majority was the previously identified class III genes while some of them were unknown ones. We tested ten highly scored candidates by cloning their promoter fragments into a lacZ transcriptional fusion vector. Among them, two genes, b2737 and ppdA, were found to be dependent on the presence of fliA ($σ^F$) or flhDC in their expressions.
대장균의 편모 레귤런(regulon) 발현의 최상위 조절자인 flhDC는 여러 요인에 의해 전사가 영향을 받는다. 그 중 H-NS 단백질은 flhDC 발현에 필요하며 이 단백질이 결핍되면 flhDC 전사가 감소되어 편모가 만들어지지 않는다. 그러나 OW1 균주는 hns 돌연변이가 있어도 다른 균주와는 다르게 편모를 만든다. 유전학적 표지와 유전 지도 작성을 통해 hcf 라 이름 붙여진 이 돌연변이가 대장균의 게놈의 41분 근처에 있다는 것을 밝혔다.
ScanProm을 사용하여 편모 레귤런의 class 3에 속하는 새로운 유전자를 대장균 게놈 데이터베이스에서 검색하였다. 검색에 사용된 주형은 -35, -10 프로모터 요소로, 편모에 특이한 $시그마 인자^F$에 의해 인식된다. 검색 결과 높은 유사성을 보이는 것들의 대부분은 이미 class 3 유전자로 분류된 것들이었고 일부는 편모 유전자로 분류되어있지 않은 것이었다. LacZ 전사 융합 벡터에 후보 유전자의 프로모터 부분을 클로닝하여 $시그마 인자^F$에 의해 전사되는지 알아보았다. 그 중 ppdA, b2737가 $시그마 인자^F$에 의해 전사가 증가 되는 것을 발견하였다.
